Kod provođenja godišnjeg obračuna poreza na dohodak za 2012. godinu treba obratiti pažnju na činjenicu da su se tijekom godine promijenile stope poreza na dohodak te će sukladno tome i granice godišnjeg dohotka biti različite od trenutno važećih
Kako bi se smanjio broj individualno podnesenih prijava poreza na dohodak, Ministarstvo financija je još 2010. godine promijenilo odredbe Zakona o porezu na dohodak prema kojima su, osim poslodavaca koji su tijekom godine neredovito isplaćivali plaće, godišnji obračun poreza na dohodak dužni provesti i poslodavci koji su redovito isplaćivali plaće, ali samo za zaposlenike koji su kod poslodavca koji provodi obračun zaposleni svih dvanaest mjeseci u godini i koji tijekom obračunskog razdoblja nisu mijenjali prebivalište.
Ukoliko poslodavac nije tijekom godine imao velikih promjena u visini isplaćenih plaća, razlike bi se uglavnom trebale pojaviti kod zaposlenika koji su tijekom obračunskog razdoblja bili na bolovanju dužem od 42 dana te su primali naknadu od HZZO-a. Isto tako, razlike će se pojaviti kod zaposlenika koji su tijekom obračunskog razdoblja djelomično koristili porodiljni ili roditeljski dopust, kao i kod zaposlenika kojima su isplaćivani značajniji bonusi.
Kod provođenja godišnjeg obračuna poreza na dohodak za 2012. godinu treba obratiti pažnju na činjenicu da su se tijekom godine promijenile stope poreza na dohodak te će sukladno tome i granice godišnjeg dohotka biti različite od trenutno važećih, odnosno u obzir treba uzeti granice prije i nakon promjene.
Po okončanju obračuna godišnjeg poreza na dohodak, poslodavci su dužni na zadnjem obračunu plaće u poslovnoj godini izvršiti korekciju obveze za plaćanje poreza i prireza. U slučaju zaposlenika za koje je poslodavac tijekom poslovne godine uplatio više poreza, tekuća se porezna obveza (iz zadnjeg obračuna plaće u godini) umanjuje za preplaćeni iznos, dok se u slučaju zaposlenika za koje je poslodavac tijekom poslovne godine uplatio manje poreza, tekuća porezna obveza uvećava za manje uplaćeni iznos poreza i prireza.
Posljedično, zaposlenicima koji su ostvarili pretplatu, poslodavac kod zadnje isplate plaće u poslovnoj godini isplaćuje neto iznos plaće uvećan za pretplatu poreza i prireza, dok zaposlenicima koji imaju manje uplaćeni porez u odnosu na obvezu iz godišnjeg obračuna, poslodavac isplaćuje neto iznos plaće umanjen za dodatnu obvezu plaćanja poreza.