Prvi korak u liječenju psa za kojeg smatramo da je atopičar jest sigurna eliminacija ektoparazita. Osim buha i krpelja za koje se većina vlasnika pobrinu sami , moramo isključiti i neke druge parazite kao što su Demodex i Sarcoptes.
Sekundarne bakterijske infekcije prisutne su skoro uvijek na bolesnoj i promijenjenoj koži. Terapija bakterijskih infekcija može biti lokalna ili sistemska. Kupanjem psa sredstvima proizvedenim za tu namjenu nastojimo smanjiti brojnost bakterija na koži, a nerijetko je potrebna i terapija sistemskim lijekovima u obliku injekcija ili tableta koja mora trajati tjednima.
Ponekad se stanje psa može pogoršati uslijed stresa, vrućine, kupanja u moru ili rijeci. Reakcija svakog organizma može biti drugačija, pa obično vlasnici sami najbolje znaju koje situacije pogoršaju, a koje poboljšaju stanje kože njihovog psa.
Posebna dijetna prehrana spada u obavezni dio terapije i način da isključimo alergiju na hranu kao mogući uzrok problema. Tako započinjemo hraniti psa s hranom koja sadrži jednu vrstu proteina i jednu vrstu škrobne namirnice kojoj pas do tada nije bio ispostavljen.Treba pripaziti na to da su psi koji žive s mačkama često ispostavljeni ribljim proteinima jer povremeno pojedu mačju hranu. Namirnice koje se koriste u eliminacijskoj dijeti su primjerice kombinacija svinjetine i krumpira, meso zeca, patke i tune. Ništa osim svježe vode ne smije se nuditi psu tijekom takve dijete inače je sve besmisleno. Ne smiju se nuditi ni žvakalice, nagradice, a idealno je da pas u tom periodu ne pije nikakve lijekove. Eliminacijska dijeta nije izbalansirana dijeta, pa vlasnika treba upozoriti da pas može smršaviti, da mu dlaka može izgubiti sjaj te da će biti gladniji nego inače. Postoje komercijalne dijete napravljene upravo u ovu svrhu. Druga opcija je hranjenje psa s hipoalergenim dijetnim hranama koje sadrže hidrolizirane proteine. Oni su smanjeni na malene molekularne sastavne dijelove koje imunološki mehanizmi neće registrirati. Trajanje eliminacijske dijete moralo bi biti 6 tjedana. Kod atopičnh pasa vrlo često ovakva dijeta neće dovesti do poboljšanja ili će ono biti minimalno, no to je jedini način da isključimo alergiju na hranu koja je klinički vrlo slična atopiji. Kooperativnost vlasnika ovdje je od presudne važnosti, a isto tako je važno da psa na takvoj dijeti ne hrani više ukućana kako se ne bi potkrao kakav komadić trenutno zabranjenih delicija.
Osim dijete u liječenju atopije koristimo niz dodataka prehrani. To su u prvom redu nezasićene masne kiseline koje se daju u obliku tableta ili ulja i to konstantno. Naime prvi rezultati njihovog dodavanja vidljivi su tek za 12 tjedana što opet iziskuje veliku dozu strpljenja kod vlasnika.
Kod nekih pasa koji su podvrgnuti alergo testovima i kod kojih se nađe alergen odgovoran za probleme terapija je nešto drugačija. Jedan od načina jest izbjegavanje odgovornog alergena što je skoro nemoguće ako se radi primjerice o kućnoj grinji. Drugi način jest imunoterapija koja se sastoji u davanju alergena u obliku potkožnih injekcija. Ovakvo liječenje, kao i alergotestiranje predstavljaju prilično velik trošak za vlasnika psa, pa ga u našim uvjetima još uvijek ne radimo rutinski.
Protuupalna terapija lijekovima koji će smiriti crvenilo kože i eliminirati svrbež daleko je najzahvalnija jer je efekt liječenja promptan. Pa se prestaje češati, crvenilo nestaje. I pas i vlasnik konačno mogu odahnuti. Međutim, kod ovakvog načina liječenja treba biti vrlo oprezan s vrstom i dozom lijekova koji se daju jer većina ima cijeli niz nuspojava posebno kod dugotrajnog davanja koje je ponekad kod atopičara neophodno.
U svakom slučaju liječenje atopije vrlo je zahtjevno za vlasnika i za veterinara.