Iako je sterilizacija mačaka odnosno kuja, rutinski operativni zahvat, uvijek postoji mogućnost komplikacija. Pošto se radi o zahvatu kod kojeg otvaramo trbušnu šupljinu, jedna od komplikacija je upala potrbušnice. Naime tokom operativnog zahvata unesu se bakterije u trbušnu šupljinu te dolazi do infekcije. Ovo stanje manifestira se visokom temperaturom, povraćanjem, napetim trbuhom, a nastupa obično 48 sati nakon operacije. U krvnoj slici nađemo visoke vrijednosti bijelih krvnih zrnaca. Srećom, i psi i mace prilično su otporni na ovakve infekte pa ova komplikacija nije česta. Ukoliko do toga dođe, problem pokušamo riješiti antibiotskom terapijom, a po potrebi i ispiranjem trbušne šupljine, dakle postavljanjem drena. Krvarenje je najčešća komplikacija i to kod pasa težih od 25 kg, ali se obično javlja još intraoperativno pa takvo krvarenje operater odmah uoči. Na velike krvne sudove zato stavljamo nekoliko ligatura, a vlasnike uputimo da kuja mora mirovati barem 24 sata nakon zahvata. Jedna od komplikacija je javljanje spolnog ciklusa iako je ženka sterilizirana. Do toga dođe ako pri odstranjivanju jajnika nešto tkiva jajnika zaostane. Iako su krvni sudovi koji opskrbljuju to tkivo podvezani, može doći do revaskularizacije i do izlučivanja spolnih hormona. U tom slučaju ženka će pokazivati sve simptome tjeranja. Ovo se posebno rado događa kod mačaka, a jedina terapija je ponovni operativni zahvat gdje pokušamo naći zaostalo tkivo jajnika i odstraniti ga. Kod težih kuja ponekad dolazi do inkontinencije mokraće nakon sterilizacije. No to se obično događa mjesecima pa i godinama nakon zahvata. Ovaj problem se da elegantno rješiti lijekovima, no lijekove protiv inkontinencije kujica mora uzimati zauvijek. Do toga dolazi zbog nedostatka ženskih spolnih hormona što dovede do slabljenja mišića koji kontrolira uretru. I konačno debljanje: ženke su nakon sterilizacije apsolutno sklone debljanju, no tu je sada na vlasniku da poduzme korake kako bi se pretjerano debljanje spriječilo. Danas su na tržištu na raspolaganju hrane koje su napravljene upravo za sterilizirane ženke, pa svakako preporučujemo promjenu režima prehrane i naravno redovitu tjelesnu aktivnost. Bez obzira na to o kakvoj se komplikaciji radi potrebno je da su vlasnik i veterinar u kontaktu nekoliko dana poslije zahvata kako bi veterinar mogao procjeniti da li sve ide kako treba ili je potrebna intervencija.