Kada se dijagnostičkim postupkom postavi dijagnoza peptičkog ulkusa, potrebno je odabrati najpovoljnije liječenje, da bi postigli: 1) što brži prestanak tegoba (bolova), 2) cijeljenje ulkusa (vrijeda...čira), 3) uvjete da se spriječi ponovno javljanje, 4) sprečavanje nastanka eventualnih komplikacija. Da bismo proveli ispravno liječenje, potrebno je znati radi li se u bolesnika sa ulkusom o pozitivnoj želučanoj sluznici ili je sluznica negativna na Helicobacter pylori. Najpraktičnije je tijekom gastroskopije, načiniti biopsije sluznice i brzi test. U svih pacijenata sa ulkusom, koji su Gelicobacter pylori pozitivni preporuča se takozvana eradikaciona terapija. Ona u sebi sadrži osnovni tzv. protusekretorni lijek, te 2 protubakterijska lijeka. To je trojna terapija i traje u pravilu 7 dana. No često je za potpuno izlječenje, a naročito za sprečavanje nastanka recidiva, potrebna znatno duža terapija. Važnost eradiciranja H. pylori iz sluznice želuca je osim u uspješnom liječenju ulkusa i u prevenciji malignih bolesti želuca, u čijem nastanku kao jedan od faktora nastanka je i Helicobacter pylori. Kod pacijenata koji imaju ulkus, ali su Helicobacter pylori negativni, lijekovi izbora su protusekretorni lijekovi, a primjena traje u prosjeku 4 sedmice. U H. pylori negativnih bolesnika sa ulkusom, izlječiti ulkus može se i sa H 2 blokatorima,p ali lječenje traje uvijek duže od 4 sedmice. Dobro je kombinirati u terapiju i prokinetske lijekove. Uvijek je uz lijekove, potrebno brinuti o pravilnoj, dijetetskoj ishrani, te izbjegavanju nervoze, napetosti i stresa, kao važnim faktorima za izlječenje peptičkog ulkus (čira ili vrijeda).