Porezna uprava je slobodna u odabiru obveznika kod kojeg će se nadzor provesti, ali postoje i kriteriji koji mogu utjecati na to. Primjerice, prioritet imaju veliki poduzetnici prema Zakonu o računovodstvu, povezane osobe koje u porezno-dužničkom odnosu predstavljaju rizik za izvršenje obveza, zatim nalog Državnog odvjetništva, ali i može se raditi i o tome da pod povećalom budu fizičke ili pravne osobe kojima su u prijašnjim razdobljima uočavane nepravilnosti. 

Ako radnik, poslovni partner ili konkurencija Poreznoj upravi predoči određene podatke koji ukazuju na nepravilnosti, navedeno može biti podloga za odluku o provođenju nadzora. Bitno je napomenuti kako porezni obveznik nikako ne može utjecati na odluku o odabiru poreznog obveznika kod kojeg će se provesti porezni nadzor.

Ovlaštene osobe u nadzoru imaju veliki krug ovlasti: mogu pregledavati kompletne poslovne knjige, evidencije, isprave, i ostalu dokumentaciju radi utvrđivanja jesu li porezne obveze obračunate pravilno ili uopće, odnosno jesu li iste podmirene. 

Mogu pregledavati prostorije, uređaje, opremu, robu i slično, mogu uzimati izjave, mogu privremeno oduzimati predmete, mogu odrediti privremenu mjeru zabrane obavljanja djelatnosti, mogu odrediti otklanjanje određenih nepravilnosti,te mogu odrediti poreznu obvezu, odnosno uplatu iste.

Osim obveza koje su nametnute prisilni propisima obveznik u postupku nadzora ima i određena prava. Prije svega obveznik, ne samo da ima obvezu nego ima i pravo sudjelovati u nadzoru. Osim toga, ima i pravo dokazivati ispravnost svojih navoda u svezi s poslovanjem, te ima pravo na sve propisane pravne lijekove koje se mogu primijeniti na konkretni slučaj. Dakle, bez obzira na široke ovlasti ovlaštenih osoba u nadzoru, i nadzirane osobe imaju prava, samo ih trebaju znati iskoristiti.