Kod jednokratnog plaćanja naknade (za naknade iznad 1.500 kn), odobrava se popust od 25%. Obročno plaćanje naknade moguće je na rok od 5 god­ina odnosno do 60 mjeseci, s time da obveznik plaća prvi obrok od 5% naknade ili najmanje 1.000 kuna, a ostalo u jednakim mjesečnim obrocima


Nova Uredba o naknadi za zadržavanje nezakonito izgrađene zgrade u prostoru (N.N. br. 98/12), završni je korak potreban za provedbu novog zakona o postupanju s nezakonito izgrađenim zgradama (N.N. br. 86/12).  Uredbom se propisuju visina i način obračuna iznosa naknade te detaljniji uvjeti plaćanja naknade za zadržavanje nezakonito izgrađene zgrade u prostoru (u daljnjem tekstu: naknada, koja je, drugim riječima, kazna). Uredba je stupila na snagu 6. rujna 2012.g., a njezinim stupanjem na snagu prestaje važiti ranija Uredba o naknadi za zadržavanje nezakonito izgrađenih zgrada u prostoru (N.N. br. 101/11).

Osnovni kriteriji za obračun iznosa naknade sada su: vrsta zgrade, obujam zgrade, namjena zgrade i lokacija, odnosno položaj u prostoru, pri čemu su najveće razlike u visini kazne s obzirom na lokaciju, odnosno nalazi li se zgrada u građevinskom području, izvan građevinskog područja, u području gospodarske i zaštitne šume s posebnom namjenom i na vodnom dobru ili u zaštićenom obalnom području mora u pojasu do 100 metara izvan građevinskog područja.

Iznos naknade ne može biti manji od 500 kn po zgradi. Popust od 25% odobrava se kod jednokratnog plaćanja naknade (za naknade iznad 1.500 kn). Obročno plaćanje naknade moguće je na rok od 5 god­ina odnosno do 60 mjeseci, s time da obveznik plaća prvi obrok od 5% naknade ili najmanje 1.000 kuna, a ostalo u jednakim mjesečnim obrocima. Pri tome mjesečni obrok ne može biti manji od 300 kuna. Kod obročne otplate ne obračunava se kamata. Ako podnositelj zahtjeva ne plati obrok naknade određen rješenjem o obračunu naknade kojim je dopuštena obročna otplata, naplata se izvršava prisilnim putem.

Tako će se za legalizaciju obiteljske kuće od 500 m3 (što odgovara bruto površini od oko 140 m2), koja se nalazi unutar građevinskog područja, morati platiti naknada u prosjeku od 3.000 kuna, što uz popust za jednokratno plaćanje iznosi 2.400 kuna. Ako se kuća iste veličine nalazi u zaštićenom obalnom području mora u pojasu do 100 metara i izvan građevinskog područja, onda je za nju potrebno izdvojiti naknadu od 22.400 kuna. Poljoprivredne zgrade imaju niže cijene naknade, pa je tako za njih koeficijent namjene tri puta manji nego za stambene ili poslovne zgrade. S druge strane, naknada za pomoćnu zgradu (npr. garaže, spremišta, alatnice, pušnice i slično, veličine do 50 m2), koja je u funkciji glavne legalne zgrade, iznosit će samo 500 kuna.

Naknada se utvrđuje rješenjem o naknadi, u pravilu prema obujmu zgrade, kao i za obračun komunalnog doprinosa. Rješenje o naknadi po službenoj dužnosti donosi upravno tijelo jedinice lokalne samouprave nadležno za poslove komunalnog gospodarstva na čijem se području nalazi zgrada za koju se donosi rješenje o izvedenom stanju (grad, općina). Dozvoljena je i žalba izjavljena protiv rješenja o naknadi, a o kojoj odlučuje upravno tijelo nadležne jedinice područne (regionalne) samouprave.

U slučaju da je zgrada u potpunosti izgrađena protivno aktu kojim se odobrava građenje (npr. građevinska dozvola) -  ako se nije poštivao oblik, veličina i smještaj građevine na građevnoj čestici sukladno aktu za građenje, ista se smatra 100% nezakonitom i plaća se naknada za cijeli obujam.

Nije nužno da podnositelj zahtjeva za legalizaciju plaća naknadu u cijelosti, već su je dužni platiti svi vlasnici zgrade razmjerno veličini njihova posebnog dijela zgrade, odnosno funkcionalne jedinice koju koriste ako se one legaliziraju. Vlasnik posebnog dijela zgrade koji se nalazi u dijelu zgrade koji nije bio predmet ozakonjenja ne plaća komunalni i vodni doprinos.

Osim naknade potrebno je još platiti:

- komunalni doprinos gradu ili općini na čijem se području nalazi zgrada i koji ovisi o veličini zgrade (m3), lokaciji i namjeni i vodni doprinos koji se plaća Hrvatskim vodama i također ovisi o veličini zgrade (m3), lokaciji i namjeni. Doprinosi se plaćaju nakon završenog postupka legal­izacije, odnosno nakon donošenja  rješenja o izve­de­nom stanju, jednokratno, a može se odobriti i obročna otplata,

- geodetsku snimku, odnosno kopiju katastarskog plana,

- arhitektonsku snimku s izjavom o mehaničkoj otpornosti i stabilnosti zgrade (zahtjevna zgrada površine preko 400 m2) do jednostavnije dokumentacije za manje zgrade. Za te usluge donesene su Upute s cjenikom Komore koje su obvezujuće,

- upravnu pristojbu od 70 kuna.

Makar se često tvrdi suprotno, očigledno je da prema novom zakonu i ovoj Uredbi koja je proizašla iz njega, podnositelji zahtjeva odnosno vlasnici zgrada koje se ozakonjuju nisu u svim slučajevima financijski privilegirani u odnosu na one koji su gradili u skladu sa zakonom.  Tako Uredba  razlikuje  naknade prema socijalnom značenju za svoje podnositelje zahtjeva odnosno vlasnike zgrada - što je veća zgrada, veća je i jedinična obračunska vrijednost naknade prema m3. Primjerice, građanin koji je bespravno gradio “mali objekt”, za pretpostaviti je da je na neki način to činio “iz nužde” i najčešće samo za vlastite potrebe, pa je za takav malu zgradu i naknada relativno mala.