Nedorečenost posebnog postupka oporezivanja usluga putničkih agencija u zakonu dovela je do različitih tumačenja i primjena u državama članicama EU.


Putnička agencija u svom poslovanju može: 
1) Obavljati usluge u svo­je ime, pri čemu nabavlja dobra i usluge od drugih po­reznih obveznika i u tom slučaju mora primjenjivati posebni postupak oporezi­va­nja putničkih agencija.
2) Obavljati usluge u svo­je ime i za svoj račun, pri čemu koristi vlastita dobra i usluge i primjenjuje redovan postupak oporezivanja.
3) Obavljati usluge u svo­je ime i za svoj račun (tzv. „mješovite“ usluge) pri čemu za jedinstvenu uslugu koju pruža putniku koristi usluge od drugih poreznih obvez­nika i vlastite usluge. U tom slučaju za dio usluga koje je koristila od drugih potrebno je primijeniti poseban postupak oporezivanja, a za dio gdje koristi vlastite usluge redovni postupak oporezivanja. 
4) Obavljati usluge u svo­je ime, a za tuđi račun. 
5) Obavljati usluge u tuđe ime i za tuđi račun pri čemu djeluje kao posrednik i PDV obračunava samo na svoju proviziju.

Poseban postupak opore­zi­vanja usluga koje pružaju putničke agencije putnicima/kupcima propisan je u Direktivi 2006/112/EZ (čl. 306. - 310. Direktive), a sastoji se u oporezivanju marže. S pristupanjem Hrvatske u članstvo EU, sadržaj iz navedene Direktive u cijelosti je preuzet u naš Zakon o PDV-u (odredbe čl. 91. - 94. Zakona o PDV-u) i Pravilnik o PDV-u (čl. 187. i čl. 195. Pravilnika o PDV-u). 

Poseban postupak opo­rezivanja usluga putničkih agencija je opisan u svega devet rečenica što je dovelo je do različitih tumačenja i primjena posebnog postupka u državama članicama EU. Najviše dvojbi bilo je u tumačenju termina „putnik-kupac“ (engl. customer) od­nosno treba li poseban postupak oporezivanja primijeniti samo u slučajevima kada agencija nabavlja us­luge od drugih poreznih obveznika i pruža jedinstvenu (objedinjenu) uslugu u svezi s putovanjem put­niku-fizičkoj osobi, ili poseban postupak može primijeniti i kada tu uslugu obav­lja i pravnim osobama. 

Prema izvješću Europske komisije iz 2006. godine, čak 13 država članica EU pog­rešno je primjenjivalo poseban postupak oporezivanja - primjenjivale su ga osim u odnosu s fizičkim osobama i u pružanju usluga pravnim osobama (pretežno drugim agencijama i turoperatorima), pa je posljedično znalo doći i do slučajeva dvos­trukog oporezivanja. Nakon izdanog upozorenja, pet država članica ispravilo je svoje postupanje, a protiv osam članica Europska ko­misija je pred Europskim sudom pravde pokrenula postupak zbog kršenja prava EU. Europski sud pravde je 26.09.2013. godine presudio u korist osam država članica EU, što je iz temelja preo­krenulo koncept primjene posebnog postupka oporezivanja putničkih agencija u Europskoj uniji, nakon više od 30 godina. Navedenom presudom pod pojmom „put­nik-kupac“ smatra se svaka osoba kojoj putnička agencija obavlja usluge, dak­le, riječ je i o fizičkim i pravnim osobama. Kako presude Europskog suda čine dio pravne stečevine Europske unije, sve države članice Europske unije ob­vezne su ih primjenjivati. Za hrvatske putničke agencije navedeno je značilo da je tek usvojena porezna pravila u poslovanju s pravnim oso­ba­ma potrebno mijenjati i prilagoditi novoj presudi Suda.
 
Navedena problematika još uvijek ostavlja velike di­leme. Porezna uprava je u Mišljenju od 5.01.2015., go­dinu i tri mjeseca od presu­de Europskog suda pravde, objavila do sada najdetaljnije tumačenje kada putničke agencije trebaju primijeniti redovan, a kada poseban postupak oporezivanja. Na­žalost, praksa i kompleks­nost pružanja usluga u turizmu ostavljaju još dosta ne­odgovorenih pitanja i dvojbenih situacija oko oda­bira poreznog postupka, koja će, nadamo se, biti pred­met posebnih tuma­čenja u formi Mišljenja PU ili nadopuna Zakona i Pravilnika o PDV-u.