Ukoliko su poslovne knjige u elektroničkom obliku, a uglavnom jesu, propisano je da se glavna knjiga nakon zaključivanja poslovne godine mora zaštititi na način koji sprječava izmjenu pojedinih ili svih dijelova poslovne knjige, knjigu mora biti moguće otisnuti na papir u svakom trenutku, mora biti potpisana elektroničkim potpisom i biti uvezana na način koji sprječava njene izmjene
Svaki poduzetnik gotovo svakodnevno skuplja određenu poslovnu i računovodstvenu dokumentaciju koja se odnosi na poslovanje njegovog društva. No, poduzetnik je obvezan određenom dokumentacijom raspolagati po određenim pravilima, a propisi koji se odnose na tu temu su prije svega Opći porezni zakon, Zakon o računovodstvu, Pravilnik o računovodstvu i posebni propisi.
Zakon o računovodstvu propisuje da se knjigovodstvene isprave (svaki pisani dokument ili elektronički zapis koji je temelj za unos podataka u poslovne knjige, ako vjerodostojno dokazuje nastali poslovni događaj – npr. ulazni i izlazni računi, izvodi, blagajničke isprave, putni nalozi, obračuni amortizacije itd.) čuvaju u obliku izvornika, na nositelju automatizirane obrade, nositelju mikrografske obrade (mikrofilm) ili na drugi prikladan način. Knjigovodstvene isprave je moguće pretvoriti iz izvornog pisanog oblika u elektronički oblik zapisa, no samo uz uvjet da se tim postupkom ne umanji vjerodostojnost i dokazna snaga isprave te ako to nije u suprotnosti s drugim propisima.
Isti Zakon odredio je da se isplatne liste i analitičke evidencije o plaćama za koje se plaćaju obvezni doprinosi čuvaju trajno dok se minimalno jedanaest godina čuvaju knjigovodstvene isprave na temelju kojih se podaci unose u dnevnik i glavnu knjigu kao i isprave na temelju kojih se podaci unose u pomoćne knjige poduzetnika. Poslovne knjige (dnevnik, glavna knjiga, pomoćne knjige) također se čuvaju minimalno jedanaest godina.
Rok čuvanja poslovnih knjiga počinje teći zadnjeg dana poslovne godine na koju se knjige odnose.
Ukoliko su poslovne knjige u elektroničkom obliku, a uglavnom jesu, propisano je da se glavna knjiga nakon zaključivanja poslovne godine mora zaštititi na način koji sprječava izmjenu pojedinih ili svih dijelova poslovne knjige, knjigu mora biti moguće otisnuti na papir u svakom trenutku, mora biti potpisana elektroničkim potpisom i biti uvezana na način koji sprječava njene izmjene. Ista također mora biti potpisana od strane osobe ovlaštene za zastupanje poduzetnika.
Knjigovodstvene isprave i poslovne knjige moguće je čuvati i izvan teritorija Republike Hrvatske, no samo u nekoj drugoj državi članici Europske unije. Ipak, ukoliko je posebnim propisima uređeno da se neke knjigovodstvene isprave moraju čuvati u pojedinim registrima ili bazama, poduzetnik ne može bez pisane privole čuvati računovodstvenu dokumentaciju izvan granica Republike Hrvatske. Ovo je zanimljivo pitanje zbog danas popularnih cloudova, koji bi, dakle, prema odredbama Zakona bili granično područje, ako ne i kršenje Zakona.
Za kraj, poduzetnik je odgovoran za redovito poduzimanje mjera zaštite računovodstvene dokumentacije od možebitnog oštećenja i gubitka, kao što je i dužan osigurati zaštitu tehničke opreme, nositelja podataka i softvera od neovlaštenog ometanja i pristupa, zlouporabe, gubitka, oštećenja ili uništenja te krađe i otuđenja.
