Kada se radi o usluzi prekograničnog pomorskog, riječnog i zračnog prijevoza putnika i robe, ne obračunava se PDV tj. ne utvrđuje se dionica puta u tuzemstvu


Općenito, prijevozne usluge oporezuju se prema dionici puta gdje se obavlja prijevoz, a ne prema sjedištu pružatelja usluge, pa prema tome spadaju u izuzetke od općeg principa oporezivanja inozemnih usluga PDV-om. Ako se usluga prijevoza ne obavlja samo u tuzemstvu, tada će se obračunati samo na dio usluge koji otpada na tuzemstvo.

Kada se na prijevozne usluge treba obračunati PDV?

Prijevozne usluge, prema Zakonu o PDV-u (čl. 5. st.4., tč. 2.) i Pravilniku o PDV-u (čl. 33. b, st.5.), oporezive su samo ako se odnose na putnički prijevoz ili prijevoz uvezenih dobara, ali samo na dionici puta kroz Hrvatsku. Pritom je nebitno da li je prijevoznu uslugu obavio domaći ili inozemni prijevoznik.
Ukoliko je uslugu izvršio domaći poduzetnik, na računu će biti iskazan iznos PDV-a na dio vrijednosti usluge koja se odnosi na dionicu puta u Hrvatskoj.
Ukoliko je uslugu izvršio inozemni poduzetnik, na fakturi neće biti iskazan PDV na spomenuti dio vrijednosti usluge, već je domaći poduzetnik (primatelj usluge) dužan sam obračunati PDV i uplatiti ga u proračun, bez obzira da li je obveznik PDV-a ili nije. 
Ako je primatelj usluge obveznik PDV-a, uplaćeni PDV mu predstavlja pretporez koji iskazuje na poreznoj prijavi (umanjenje porezne obveze).
U oporezive usluge spadaju i prijevozne usluge kod privremenog izvoza koji prema Zakonu (čl. 14. st. 4.) ne potpada pod izvoz. Tada će se na dionicu puta u Hrvatskoj obračunati PDV.

Kada se na prijevozne usluge ne obračunava PDV?

Kada se radi o usluzi prekograničnog pomorskog, riječnog i zračnog prijevoza putnika i robe, ne obračunava se PDV tj. ne utvrđuje se dionica puta u tuzemstvu.
PDV-a su oslobođene i prijevozne usluge za dobra koja se prevoze kroz carinsko područje RH (čl. 12., st. 1, tč. 16.), kao i prijevoz prilikom izvoza dobara i oplemenjenih dobara (kod privremenog uvoza). Isto vrijedi i za sve ostale otpremne usluge (čl. 13.,st. 1.,tč. 1. Zakona).
Usluge prijevoza prilikom uvoza oslobođene su PDV-a kada ih obave Hrvatske željeznice. Ovo oslobođenje vrijedi samo za HŽ. Ukoliko se takva usluga prefakturira, tada treba obračunati PDV.

Kada se radi o prijevoznoj usluzi u vezi s izvozom, gdje prijevoznik nije ujedno i organizator prijevoza, porezno oslobođenje vrijedi i za prijevoznika (kooperanta), uz uvjet da na računu navede po kojoj osnovi je usluga oslobođena PDV-a (čl.13., st.1., tč.1.Zakona). Organizator usluge također je oslobođen PDV-a, uz uvjet navođenja spomenutog propisa i JCD-a temeljem kojeg se izvoz provodi.

Naknadom za prijevoz ne smatraju se tzv. prolazne stavke (npr. veterinarski pregled) koje nisu naslovljene na prijevoznika, te u tom smislu ne predstavljaju osnovicu za obračun PDV-a na prijevoznu uslugu.