Elementi koji se ne uključuju u osnovicu za obračun PDV-a, a u skladu s odredbama Zakona o porezu na dodanu vrijednost (čl. 33., st. 3), su i iznosi koje porezni obveznik zaračuna ili primi od kupca kao povrat za izdatke koje je platio u njegovo ime i za njegov račun i koje u evidencije unosi kao prolazne stavke.

No, neka ne dođe do zabune, takve izdatke treba razlikovati od prefakturiranja. Neki od primjera prolaznih stavki bile bi uvozna pristojba koju špediter plaća u ime i za račun uvoznika ili boravišna pristojba koja se naplaćuje u ime i za račun turističke zajednice. Takve stavke moraju se posebno iskazati na računu i na njih se ne obračunava PDV.

Kod prefakturiranja troškova se ne radi o prolaznim stavkama, već o troškovima poduzetnika, koje on tada temeljem ugovornih odnosa prevaljuje na drugog poduzetnika odnosno kupca. Dakle, radi se o dva sasvim različita pojma. Ako seciramo prefakturiranje, ne radi se klasičnoj isporuci ili usluzi, već samo o prevaljivanju vlastitih troškova poslovanja (u cijelosti ili djelomično) na drugog poduzetnika.

Primjeri prefakturiranja troškova bili bi primjerice prefakturiranje režijskih troškova kod najma ili troškovi koje leasing društvo (kao vlasnik vozila) prevaljuje na korisnika leasinga – npr. plaćeni porez na cestovna motorna vozila ili razne naknade, pristojbe, osiguranja...

Ključna stvar kod takvih transakcija, a po pitanju poreza na dodanu vrijednost je sljedeće: svi troškovi koji se putem ispostavljenog računa prevaljuju na drugog poduzetnika (kupca) ulaze u osnovicu za oporezivanje PDV-om, bez obzira je li na te stavke prethodno bio obračunat PDV ili su te stavke bile oslobođene PDV-a. Dakle, prethodno spomenuti porez na cestovna motorna vozila, iako neoporeziv sam po sebi PDV-om, pri prefakturiranju mora se uvećati i za PDV. I to je to što se tiče naše porezne uprave.

Postoje, međutim, određene dileme glede tog stava. Europski sud je u svojim rješenjima donio niz mišljenja kod kojih određeni prefakturirani trošak ne može biti oporeziv PDV-om ukoliko se na njega ne obračunava PDV pri ulazu. No, za sada nema reakcije kod naše porezne uprave i često ispada da se nešto može prefakturirati bez PDV-a, a nešto ne može, ovisno od slučaja do slučaja i po principima koji nikome nisu jasni jer nema kvalitetnijih pojašnjenja u propisima.